In de zomer van 2012 worden in de reactorvaten van de Belgische kerncentrales Doel-3 en Tihange-2, min of meer toevallig, duizenden haarscheurtjes ('hydrogen flakes') ontdekt. Hierop worden de reactoren uit bedrijf genomen. De reactorvaten zijn, net als die van de kerncentrale in Borssele, gemaakt door het al lang failliete Rotterdamse bedrijf RDM. EPZ ontkent vanaf het begin dat er ook haarscheurtjes in het vat van de KCB zitten, maar wordt toch gedwongen een onderzoek in te stellen. De verantwoordelijke minister (Kamp, EZ) laat vervolgens heel snel weten dat er niets aan de hand is. Als daarna blijkt dat maar 44% van het reactorvat onderzocht is, komt de provincie Zeeland met een motie waarin 100% controle geëist wordt, maar dat legt minister Kamp eind juni 2013 naast zich neer.
Dat Plan van aanpak wordt vervolgens via een beroep op de Wet Openbaarheid van Bestuur (WOB) na veel gedoe (o.a. een cyber-actie van stichting Laka) eindelijk vlak voor Kerst 2013 ontvangen, maar levert meer vragen dan antwoorden op. Er blijken maar liefst twee versies te zijn van het plan. De eerste versie (januari 2013) is naar aanleiding van vragen en opmerkingen van het ministerie aangepast. Maar vreemd genoeg is het tweede en definitieve plan van aanpak (februari 2013) juist minder precies en concreet over wat en hoe onderzocht wordt. Uiteindelijk staan er maar twee zinnen in het plan die de feitelijke controle van het reactorvat op scheurtjes beschrijven. Verder blijkt dat EPZ haar advocaat in april al heeft gevraagd om te voorkomen dat het ministerie het plan vrij zou geven.
Een vervolg-WOB in januari 2014 over hoe dat tweede plan van aanpak tot stand komt levert aanvankelijk niet veel op. Uit de in maart 2014 ontvangen stukken kan het volgende gereconstrueerd worden: Na verwerking van “een mondeling verzoek” van de toezichthouder Kernfysische Dienst (d.w.z. niet in de stukken) en “inmiddels gemaakte nadere afspraken” (niet in de stukken) stuurt EPZ op 19 februari 2013 een tweede versie van het plan van aanpak naar de KFD.
De kerncentrale ligt overigens, eind 2013, drie maanden stil door defecte generatorkoelers, waar koelribben zijn afgebroken. Pas op 2 december wordt KCB weer opgestart. De kosten van het stilliggen worden geschat op 34 miljoen.

Zoals in het op 17 juni 2006 getekende Convenant over de langere levensduur van de kerncentrale Borssele is afgesproken, is in 2008 een Commissie van onafhankelijke internationale deskundigen ingesteld (de Commissie Benchmark) om de naleving van de veiligheidsbenchmark te toetsten. De kerncentrale Borssele moet tot de 25% veiligste kerncentrales in de EU, VS en Canada behoren. Op 26 september 2013 komt die Commissie met haar eerste rapport en minister Kamp laat in een brief aan de Kamer weten dat de commissie besloten heeft dat de "Kerncentrale Borssele tot het 25% meest veilige kerncentrales van een vergelijkbaar type in EU, VS en Canada behoort en dus aan de veiligheidseis uit het convenant voldoet." Maar omdat de Commissie "op basis van vertrouwelijkheid" toegang heeft gekregen over de "prestatie-indicatoren" is dit niet controleerbaar.
Verder heeft de Commissie voor de procesevaluatie van bediening, onderhoud en “safety management” een "referentiegroep uitgekozen bestaande uit tien kerncentrales waarvoor OSART rapporten van redelijk recente datum beschikbaar zijn." OSART is het Operational Safety Review Team van de IAEA. Maar verouderingsmanagement maakt geen onderdeel uit van de OSART beoordeling en een equivalente informatiebron ontbreekt. Daarom heeft de Commissie besloten de "procesevaluatie van het verouderingsmanagement" apart uit te voeren. Daarvoor zijn 5(!) relevante kerncentrales vergeleken. Daaruit bleek: "het grootste verschil tussen KCB en de andere beschouwde kerncentrales is het ontbreken bij de KCB van implementatie en documentatie van een adequate strategie, organisatie en methode voor verouderingsmanagement."
Laka publiceert in oktober 2013 en april 2014 cijfers van de IAEA (de UCL: de Unplanned Capability Loss) waaruit blijkt dat Borssele al een aantal jaren zeer slecht scoort wat betreft betrouwbaarheid. En betrouwbaarheid is een indicator voor veiligheid.
Het blijft onduidelijk waarom de Benchmark Commissie voor geheime industrie cijfers heeft gekozen (de Forced Loss Rate van de World Association of Nuclear Operators) en niet voor de openbare IAEA-ranglijst van Unplanned Capability Loss (UCL).

De in de Energienota (van 26 september 1974) aangekondigde rapporten en onderzoeken (als voorwaarden voor de bouw van nieuwe kerncentrales) worden aan de Tweede kamer aangeboden.
- RASIN: Risico Analyse Splijtofcyclus In Nederland. Geschreven door SEP, UCN en Interfuel
- Gezondheidsraad over kerncentrales en gezondheid
- Commissie Reactorveiligheid: advies over de veilgheidsaspecten splijtstofcyclus in Nederland
Volgens de auteurs van de RASIN (drie bedrijven met grote belangen in kernenergie) wordt het risico van de splijtstofcyclus voor zover die zich in Nederland afspeelt, vrijwel geheel bepaald door de kerncentrale. Nevenactiviteiten (zoals verrijking, transport, afvalopslag) zijn daarmee vergeleken zeer gering. De kans op het ernstigste ongeval met een centrale wordt berekend op 2-5 maal per miljoen jaar.
De commissie van de Gezondheidsraad komt tot de conclusie dat een ernstig reactor ongeval zeer onwaarschijnlijk is, maar zo’n ongeval zeer ernstige gevolgen kan hebben. Ze stellen dat daarom het parlement een uitspraak moet doen over de aanvaardbaarheid van die risico’s.
Niet erg verrassend komt de Commissie Reactorveiligheid ook tot de conclusie dat de risico’s van kernenergie klein zijn, en dat het overheidstoezicht op de veiligheid bij ontwerp, bouw en bedrijf van een kerncentrale binnen het kader van de bestaande wetten effectief kan worden uitgevoerd.
In december publiceren wetenschappelijk medewerkers van de TH in Enschede, de RU in Groningen en Utrecht kritiek op de drie veiligheidsrapporten, onder de titel ‘Kernenergie in discussie’. Bekritiseerd worden de gekozen probleemstelling, de gehanteerde veiligheidsfilosofie en de gebruikte criteria. Het rapport levert interne, maar vooral externe kritiek op de studies. Waarbij met name de gekozen probleemstelling, de gehanteerde veiligheidsfilosofie en de gebruikte criteria ter discussie staan. Er wordt ingegaan op “fundamentele en wereldwijde aspecten van kernenergie”, toegespitst op de meer specifieke Nederlandse situatie. Van een aantal punten wordt “de ontoereikendheid van onze huidige kennis voor het evalueren van de invloed van kernenergie op volksgezondheid en milieu“ behandeld. Veel aandacht schenkt men aan de omvang, de lange termijn gevolgen, de maatschappelijke ontreddering en mogelijke oorzaken van ongelukken met kerncentrales.

Ondanks dat de Evaluatiecommissie van het RCN in februari had geadviseerd tot voortzetting van het UC-project (tot aan het stadium waarin de bouw van een proeffabriek op semi-industriële schaal verantwoord zou zijn; 4 jaar zo schatte men, zou dat nog duren) is er veel pessimisme over het doorgaan ervan. In mei 1964 werd al meegedeeld dat de ontwikkeling van de centrifuges moeizamer verliep dan aanvankelijk voorzien. Het vergroten van de draaisnelheid maakt de tollen instabiel en de ene na de andere crasht. EZ verwachtte in 1965 nog dat het hele project op termijn zal stoppen (voor de tweede helft van 1966 is er zelfs geen geld begroot) en ook de Raad van Bestuur van het RCN is niet zo optimistisch. Door die onduidelijkheid over of er wel doorgegaan moet worden met het onderzoek, en omdat niemand de beslissing wil nemen, komt er uiteindelijk een commissie van experts die heel verrassend positief adviseert; bouw een proefopstelling van 150 ‘tollen’. Kosten 17 miljoen gulden. Het waarom van dat advies blijft onduidelijk, maar dat zou te maken kunnen hebben met een (natuurlijk geheime) technische doorbraak in het lab in Duivendrecht, bijv. over de lengte van de centrifuges en de koppelingstechnologie.
Op de RCN-bestuursvergadering eind september wordt uiteindelijk besloten de opstelling in Duivendrecht tot 70 ‘tollen’ te halveren en de kosten op die manier tot f 10 miljoen te beperken.

Om al gedane investeringen te beschermen en om te voorkomen dat “de ontwikkeling en toepassing van kernenergie” een “ernstige slag” toegebracht zal worden, treedt er een noodwetje in werking. Volgens de minister van EZ (Andriessen) is het absoluut noodzakelijk dat de Nederlandse Staat General Electric vrijwaard van de gevolgen van de wettelijk aansprakelijkheid voor de gevolgen van een ongeluk, zowel in Nederland als de omringende landen. De internationale verdragen op dit gebied zijn namelijk door Nederland (nog) niet geratificeerd en dit wordt wel uitdrukkelijk door GE geëist in het contract voor de bouw van Dodewaard. De Kamer gaat zonder morren akkoord. Op 1 januari 1966 wordt dit dan definitief geregeld in de ‘Wet inzake de wettelijke aansprakelijkheid op het gebied van kernenergie’.

Er heerst ernstige twijfel bij Neratoom over de veiligheid van de te bouwen suspensiereactor op het KEMA-terrein, maar gezien (mogelijke orders voor) de komende bouw van de 50 MW reactor acht men “tegenwerking van de SEP ongewenst“. In de aandeelhouders vergadering van Neratoom wordt door de afgevaardigde van de Marine gezegd dat de bouw van een dergelijke reactor in zo’n dicht bevolkte omgeving, gezien de ongelukken met een dergelijke reactor in het Amerikaanse Oak Ridge “levensgevaarlijk” is.

Al vanaf oktober 2001 verschijnen er regelmatig berichten over misstanden, onrust onder het personeel, en mededelingen van een klokkenluider dat er bij de HFR met veiligheidsvoorschriften wordt gesjoemeld. Minister Pronk zei op 3 januari naar aanleiding daarvan, dat er weliswaar “interne Veiligheidstechnische Specificaties“ niet zijn nageleefd (en dat ze dat niet gemeld hebben aan de KFD), maar dat de vergunning van de HFR in het kader van de Kernenergiewet nooit is overtreden. Pronk constateert wel dat de veiligheidscultuur en de bedrijfssfeer verziekt zijn en gelast een onderzoek van de KFD.
Op 1 februari kopt het Noordhollands dagblad op de voorpagina 'Scheur in vat kernreactor Petten' . De ‘historische scheur’ zoals die genoemd wordt is 4 cm lang en 2 cm diep. Het schijnt dat de scheur een lasfout is die vanaf de installatie van het vat in 1984 aanwezig is, maar nu groter lijkt te zijn geworden. Interim directeur Schatborn komt in het NOS journaal uitleggen hoe het zit met de scheur en wijst daarbij een totaal verkeerde plaats aan.
Op 3 februari wil Pronk dat de HFR tijdelijk stil gelegd wordt. Niet omdat er “daadwerkelijk een onveilige situatie bestaat,” maar om het bedrijf de tijd te geven de veiligheidscultuur te verbeteren. De directie voelt daar niets voor, maar legt de reactor toch op 18 februari stil.

Bij de presentatie van het jaarverslag deelt ECN mee dat ze beginnen met onderzoek naar de ‘bijzonder veilige’ Hoge Temperatuur Reactor (HTR). Het gaat, zo zegt Van den Kronenberg, “om een reactor die z’n eigen afval weer verbrandt“ en “ook een hoge graad van veiligheid krijgt.“ De centrale wordt ook veel kleiner dan nu gebruikelijk (80MW). Een demonstratiemodel kan dan begin volgende eeuw in gebruik worden genomen. ECN werkt samen met de centrale in Dodewaard en het Amerikaanse General Electric. ECN zal zelf voorlopig 2 a 3 miljoen gulden per jaar steken in het onderzoek. Er komt snel kritiek, zo nieuw is het type nu ook weer niet, het is al dertig jaar oud en een HTR in Hamm (Duitsland) is zelfs al weer afgebroken na even in bedrijf te zijn geweest en stilgelegd te zijn in 1986 na een ongeluk.

Nadat de pers al weken lang bezweert dat alles veilig is, ondanks een hooglopend conflict bij de HFR -tussen reactortechnici en ECN-directie, sturen de operators nu een brief naar ECN en eigenaar Euratom, met daarin twijfels over de veiligheid van de reactor. Vooral het opvoeren van het vermogen van de reactor (van 20 naar 45MW) wordt gezien als problematisch. “Gelijk met het meer dan verdubbelen van de productie van de reactor is het koelsysteem opgezweept. In plaats van 2200 kubieke meter water stroomt er nu 4150 kubieke meter water doorheen. Op de leidingen, kleppen, lassen en bochten van het 25 jaar oude systeem is daardoor een vele malen hogere druk komen te staan dan bedoeld is. Uitgezonderd het aanbrengen van een nieuwe warmtewisselaar is nooit naar de leidingen gekeken. Je kunt je afvragen of ze na zo’n lange tijd nog wel intact zijn.” ECN reageert snel en stelt dat alles veilig is en dat ook de operators zich distantiëren van de brief. De pas opgerichte belangenvereniging van operators wordt snel daarna erkend door de ECN als partij in het conflict.

De aandeelhouders van de SEP gaan akkoord met het ‘modificeren’ van de kerncentrale in Borssele, noodzakelijk om te voldoen aan de veiligheidseisen verbonden aan de vergunning. Voor het verbeteren van de veiligheid denkt de EPZ ongeveer f 350 - 400 miljoen nodig te hebben. Het gaat om een 16-tal wijzigingen en aanpassingen, voor het grootste deel aanbevelingen uit het IAEA OSART-rapport uit begin 1987. De verbeteringen bestaan uit een reserve regelkamer, verbeteren van de brandveiligheid, het scheiden van noodsystemen, nieuwe leidingen, het oppompen van grondwater voor noodkoeling, etc. De modificatie moet in 1994 afgerond zijn. Voor de aandeelhouders is de investering voor de relatief korte periode dat de centrale nog in bedrijf zal zijn (tot en met 2003) geen probleem.