De rechtbank doet een soort tussenvonnis; ze oordeelt dat er nu nog geen hard bewijs is van een afspraak tussen de Staat en de SEP over de sluiting van Borssele, maar 'stelt de staat in de gelegenheid met meer bewijzen te komen dat er daadwerkelijk afspraken lagen over sluiting voor 31 december 2003'.
Een andere uitspraak van de rechtbank is dat, mocht bewezen kunnen worden dat er wel degelijk afspraken zijn gemaakt de andere argumenten van de huidige eigenaar van de centrale - als zouden eventuele afspraken niet meer gelden onder Europese wetgeving en een geliberaliseerde markt en als zou de SEP de EPZ niet hebben mogen vertegenwoordigen - ongeldig zijn. Voormalig minister Wijers cs. moet nu dus aantonen dat er wel degelijk afgesproken is de centrale uiterlijk 31-12-2003 te sluiten. Maar, verzucht Feenstra (PvdA): “zover had het nooit hoeven te komen, als Wijers met de elektriciteitssector een eenduidige overeenkomst had gesloten.”
Tussenvonnis Rechtbank Den Bosch

Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.

Al vanaf oktober 2001 verschijnen er regelmatig berichten over misstanden, onrust onder het personeel, en mededelingen van een klokkenluider dat er bij de HFR met veiligheidsvoorschriften wordt gesjoemeld. Minister Pronk zei op 3 januari naar aanleiding daarvan, dat er weliswaar “interne Veiligheidstechnische Specificaties“ niet zijn nageleefd (en dat ze dat niet gemeld hebben aan de KFD), maar dat de vergunning van de HFR in het kader van de Kernenergiewet nooit is overtreden. Pronk constateert wel dat de veiligheidscultuur en de bedrijfssfeer verziekt zijn en gelast een onderzoek van de KFD.
Op 1 februari kopt het Noordhollands dagblad op de voorpagina 'Scheur in vat kernreactor Petten' . De ‘historische scheur’ zoals die genoemd wordt is 4 cm lang en 2 cm diep. Het schijnt dat de scheur een lasfout is die vanaf de installatie van het vat in 1984 aanwezig is, maar nu groter lijkt te zijn geworden. Interim directeur Schatborn komt in het NOS journaal uitleggen hoe het zit met de scheur en wijst daarbij een totaal verkeerde plaats aan.
Op 3 februari wil Pronk dat de HFR tijdelijk stil gelegd wordt. Niet omdat er “daadwerkelijk een onveilige situatie bestaat,” maar om het bedrijf de tijd te geven de veiligheidscultuur te verbeteren. De directie voelt daar niets voor, maar legt de reactor toch op 18 februari stil.

Na een tweetal nieuwe hoorzittingen (op 8 maart en 4 april jl.) in de zaak van de Nederlands staat tegen EPZ lijkt het duidelijk dat er wel degelijk een afspraak is over de sluiting van Borssele per 31-12-2003. Nadat in de eerste hoorzitting duidelijk is geworden dat er volgens de toenmalig minister van EZ (Wijers) een duidelijke afspraak ligt wordt dit bevestigd door de toenmalig directeur van de SEP dhr. Ketting. Volgens hem is er een afspraak gemaakt waar niet vanaf geweken kon worden. “Een man een man, een woord een woord.” Hij herinnert zich zelfs nog dat hij van de eigenaar van de centrale een kist goede wijn had gekregen vanwege het behaalde resultaat (sluiting per 01-01-2004 en 70 miljoen gulden compensatie).
Nadat de getuigen opgeroepen door de staat gehoord zijn, krijgt de EPZ ook nog de kans om getuigen te horen. Er zijn twee getuigen opgeroepen: de beide directeuren van de EPZ. Als eerste is Droog aan de beurt. Alhoewel hij niet betrokken was bij de gesprekken tussen de SEP en EZ in die tijd, meent hij toch dat er van een bindende afspraak geen sprake is. Volgens hem kan EPZ er altijd van af. Na zijn getuigenverhoor besluit EPZ dat de andere directeur (Van Meegen) niet meer gehoord hoeft te worden. Dit, terwijl hij juist wel bij de gesprekken met de SEP betrokken was. Aan het eind van de zitting vraagt de rechter aan EPZ om hem van documenten te voorzien waaruit duidelijk wordt hoeveel tijd EPZ nodig heeft om de centrale te sluiten. Dit om te voorkomen dat “er een uitspraak wordt gedaan die niet uitvoerbaar is.” De rechter vraagt hier uitdrukkelijk naar omdat de Nederlands staat in haar eis een dwangsom heeft opgenomen. De rechtbank hoopt voor de zomer uitspraak te doen.