Nadat in 1963 al hoofdstuk II betreffende de Adviesinstanties in werking is getreden, treedt nu de hele Kernenergiewet in werking. Met de wet zal het Radioactieve stoffenbesluit, gebaseerd op de Warenwet, buiten werking treden. Bovendien is de Hinderwet niet meer van toepassing op de zaken die nu door de Kernenergiewet geregeld worden. Onder de KeW vallen splijtstoffen, uranium- en thoriumhoudende ertsen, inrichtingen en (scheeps-)uitrustingen, radioactieve stoffen en ioniserende stralen uitzendende toestellen. Ter bescherming tegen gevaren voorziet de wet in het hanteren van een systeem van vergunningen en algemene voorschriften; daarnaast bevat zij een stelsel van registratie. De richtlijnen die in de KeW zijn gegeven, zijn uitgewerkt in een aantal uitvoeringsmaatregelen.
Op grond van artikel 75 van de KeW is voor Defensie het Vrijstellingsbesluit defensie Kernenergiewet opgesteld. Artikel 75 verleent aan de Kroon de bevoegdheid om bij algemene maatregel van bestuur vrijstelling te verlenen of op verzoek ontheffing te verlenen van de vergunningplicht van artikel 15 en artikel 29 van de Kernenergiewet aan "instellingen van wetenschap of in het belang van de landsverdediging". Het gaat om zaken waarvan in de praktijk echter de minister van Defensie (en niet de Kroon) bepaald dat geheimhouding noodzakelijk is.
[Zie ook het dossier ‘Vrijstellingsbesluit Defensie Kernenergiewet’]

Als door de Centrale Raad voor de Kernenergie (CRK) over militaire aangelegenheden wordt gesproken, wordt afgesproken, dat vertegenwoordigers van defensie de vergaderingen kunnen bijwonen. Het bijzondere is dat Defensie zelf mag bepalen wat "militaire aangelegenheden" zijn en voor haar van belang is.

RCN tekent een 4-jarig associatiecontract met Euratom voor de uitvoering van het door RCN ontwikkelde NERO reactor concept. NERO (Nederlands Eerste reactor Ontwerp) is een drukwaterreactor voor scheepsaandrijving. NERO wordt de komende jaren bepalend voor de werkzaamheden van het RCN. Euratom betaald 40%, Defensie de andere 60%. Hiervoor moeten de statuten van RCN wel aangepast worden: het ontwerp wijkt namelijk af van wat voor civiel gebruik wenselijk is en het is onduidelijk of de zinsnede in de statuten “ten behoeve van vredesdoelen” alleen het maken van kernwapens uitsluit of alle werkzaamheden voor defensie-doeleinden.

De Nederlandse gezant in Washington besluit de Amerikanen mee te delen dat het de wens van de Koninklijke Marine is de aankoop van de kernonderzeeër(s) "te temporiseren". Nederland zou helemaal niet aan haar verplichtingen kúnnen voldoen, mochten de Amerikanen nu positief besluiten. Daar ziet het weliswaar niet direct naar uit, maar het Nederlandse gezichtsverlies zou zeer groot zijn: er is zeker tot 1963 geen geld. Hoewel dat al lang duidelijk is, wordt nu het besluit genomen dit toch mee te delen voordat de Amerikanen er zelf achter zullen komen. Nederland moet zich nog wel een standje laten welgevallen, en Minister van Buitenlandse Zaken Luns geeft de Amerikanen nog mee dat de belangstelling “onverflauwd” is en van uitstel geen afstel mag komen.

Op de Hr.Ms. De Ruyter (een kruiser van de Koninklijke Marine) wordt een stralingsproef gehouden. Het is de eerste van een serie proeven die tot 1966 zullen duren naar aanleiding van een rapport uit 1957 om praktijkoefeningen te houden met de aangeschafte apparatuur “ter beveiliging tegen radio-actieve straling”. Bij de experimenten wordt door middel van over het dek bewogen stralingsbronnen een besmetting gesimuleerd en de straling in de ruimtes eronder gemeten. Defensie stopt in 1966 met de experimenten omdat de gegevens onvoldoende representatief zijn voor een besmetting die in een kernoorlog plaats kan vinden.
Omdat veel mensen die bij de proeven betrokken zijn, kanker krijgen, wordt er begin 2002-2003 onderzoek naar gedaan en wordt er meer over bekend.

Al bij de begrotingsbehandeling in september 1957 stelt de Minister van Marine Staf dat de Nederlandse vloot niet zal kunnen ontkomen aan het gebruik van "atomische energie". In september ‘58 wordt zelfs door de kapitein-ter-zee meegedeeld dat de Koninklijke Marine bezig is met de ontwikkeling van een door kernenergie voortgestuwde onderzeeboot. Dat blijkt ietwat overdreven. In juli 1959 zijn vertegenwoordigers van Buitenlandse Zaken en de Koninklijke Marine in Washington om te onderhandelen over de aankoop van een kernonderzeeër, in elk geval een reactor daarvoor. De ambtenaren zijn positief gestemd over de gesprekken (schuchter is er gevraagd of een kernreactor ook “geleend of gehuurd” kan worden, en aan deze vraag wordt met enige gene terug gedacht). Toch, zo wordt benadrukt, is teveel optimisme misschien voorbarig: het Amerikaanse Congres beslist uiteindelijk, hoewel die zich vaak laten leiden door Schout bij nacht Rickover, die, zo gaan de verhalen, de verspreiding van (informatie over) atoomonderzeeërs wil beperken. In oktober deelt de Marine mee dat het zelf bouwen van kernonderzeeboten voorlopig van de baan is. Nu zijn de reactoren nog te duur en wachten op betere en goedkopere reactortypes gaat te lang duren omdat er nu een beslissing genomen moet worden over nieuwe onderzeeboten.

Het Veiligheidsbesluit Ioniserende Straling treedt in werking en heeft ten doel degenen die in hun werk de kans lopen door “radioactieve bestraling te worden getroffen” tegen de gevolgen daarvan te beschermen. Het stelt regels vast over de wijze waarop radioactieve stoffen in bedrijven (en daarbuiten) moeten worden gebruikt. In juli treedt vervolgens het ‘Radioactieve stoffenbesluit’ van de Warenwet in werking. Hiermee wordt “de invoer, produktie, vervoer, verwerking en bewaring van radioactieve stoffen in Nederland” vergunningsplichtig en onder controle gesteld. Directe aanleiding hiervoor is om een einde te maken aan de “regelloosheid ontstaan” sinds 1956 toen de VS “de uitvoer van radioactieve stoffen vrijgaf en dus de uitvoer niet meer bond aan garanties“. De ‘Nota van toelichting’ van de wet begint dan ook als volgt: “Wegens het gevaar dat radioactieve stoffen opleveren, is het dringend nodig, dat de overheid regelen stelt aan handel in en verkeer met deze stoffen.”
Met de invoering van dit besluit wordt de in 1947 opgerichte Isotopencommissie opgeheven. Het Radioactieve stoffenbesluit wordt later in de Kernenergiewet geregeld.
Radioactieve stoffen bestemd voor militaire doeleinden vallen echter uitdrukkelijk niet onder het Radioactieve Stoffenbesluit, daarvoor, zo staat er, komt terzijnertijd aparte wetgeving. Dit zal geregeld worden in het ‘Vrijstellingsbesluit defensie Kernenergiewet.’ (zie dossier)

De ‘Stichting Kernvoortstuwing Koopvaardijschepen’ (SKK) wordt opgericht door 11 reders en werven met in het bestuur ook vertegenwoordigers van RCN, TNO en TH Delft. In opdracht van deze stichting wordt wat werk gedaan door de RCN, maar de activiteiten lopen al snel terug. In 1958 geeft de NV Scheepsbouwbelangen, een kleinere groep werven, opdracht aan het RCN om een meer gedetailleerde studie uit te voeren naar mogelijkheden van een scheepsreactor, die ook de belangstelling van de Koninklijke Marine heeft. Deze studie, die zich baseert op de drukwaterreactor, zal zich gaan ontwikkelen tot het NERO-project (Nederlands Eerste Reactor Ontwerp) en een belangrijk deel van het RCN-programma gaan bepalen.

Eindelijk komt de al op 7 maart 1952 door het Ministerie van Marine ingestelde commissie met haar eindrapport. In deze periode van Koude Oorlog laat het Ministerie van Marine onderzoeken hoe men zich tegen een aanval met kernwapens kan beschermen. De commissie moet advies geven over de aanschaf van apparatuur “ter beveiliging tegen radio-actieve straling“. In het als ‘confidentieel’ geclassificeerde rapport wordt voorgesteld om afschermings- en meetapparaatuur te kopen, maar ook radioactieve bronnen om praktijkoefeningen te kunnen uitvoeren.

Na het einde van de oorlog wordt het uranium door het ministerie van Oorlog overgedragen aan het Ministerie van OK&W (Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen) G.J.Sizoo (VU Amsterdam) wordt gevraagd er zorg voor te dragen en verklaart zich op 6 februari bereid het beheer over het uranium te voeren.