Nadat in augustus de Raad van State besluit dat de in allerijl afgegeven vergunning geldig is, maakt NRG begin september bekend dat op 20 september het eerste transport naar de Covra plaats zal vinden van HFR-brandstof. Het Amerikaanse Nuclear Control Institute wijst op het feit dat in september een schip met nucleair afval van Europa naar de Verenigde Staten vertrekt waar het Nederlandse afval op had kunnen zitten. Maar de NRG zegt dat praktische problemen dat onmogelijk maken, bijvoorbeeld dat de transportcontainers niet in de VS gecertificeerd zijn (iets wat ze overigens al jaren weten). De directeur van NRG, Versteegh, laat later weten dat de belangrijkste redenen de kosten zijn: door de contracten met de Covra moet ook als het afval naar de VS gaat, de Covra betaald worden.
Zo’n 25 activisten (voornamelijk van de SP) proberen op 20 september op de snelweg bij Rilland (Zeeland) het transport te blokkeren. Maar de enorme overkill aan politie sluit de groep demonstranten op de parkeerplaats naast de snelweg in, op het moment dat het transport in de buurt komt. Tot begin november volgen nog 3 transporten.

Door een enkele alinea in het in november 2009 uitgegeven boek van oud-ECN-directeur Frans Saris (‘Darwin meets Einstein’) krijgt een melding in het Storingsoverzicht van de Kernfysische Dienst over 2001 een heel andere impact. Saris schrijft:
"The nuclear reactor is a research reactor, not a power reactor; it needs electricity to operate, for instance to pump cooling water. The reactor has a back-up cooling system to prevent meltdown of the core in case of a power failure. But this evening the back-up cooling system failed to come into action and the operators did not know what to do. There is an extra safety system by convection cooling for which the operators had to open a valve, but the control room was dark. When they reached for a torch that should have been there, it had been taken away by a colleague to work under his car. Trying their luck the operators put the valve of the convection cooling in what they thought was the 'open' position. But then the lights came back on and the operators discovered they had actually closed the back-up convection cooling system. Had the power failure lasted longer it would have meant meltdown and a major disaster. When I learned about this some months later - they thought they could keep it secret - I did not think I could take responsibility any longer and I resigned from the ECN."
De onthulling krijgt relatief weinig aandacht en de oud-directeur wordt weggezet als een querulant, die de interne richtingenstrijd binnen ECN ('duurzaam of kernenergie') verloor en daarom wraak zoekt.

Al vanaf oktober 2001 verschijnen er regelmatig berichten over misstanden, onrust onder het personeel, en mededelingen van een klokkenluider dat er bij de HFR met veiligheidsvoorschriften wordt gesjoemeld. Minister Pronk zei op 3 januari naar aanleiding daarvan, dat er weliswaar “interne Veiligheidstechnische Specificaties“ niet zijn nageleefd (en dat ze dat niet gemeld hebben aan de KFD), maar dat de vergunning van de HFR in het kader van de Kernenergiewet nooit is overtreden. Pronk constateert wel dat de veiligheidscultuur en de bedrijfssfeer verziekt zijn en gelast een onderzoek van de KFD.
Op 1 februari kopt het Noordhollands dagblad op de voorpagina 'Scheur in vat kernreactor Petten' . De ‘historische scheur’ zoals die genoemd wordt is 4 cm lang en 2 cm diep. Het schijnt dat de scheur een lasfout is die vanaf de installatie van het vat in 1984 aanwezig is, maar nu groter lijkt te zijn geworden. Interim directeur Schatborn komt in het NOS journaal uitleggen hoe het zit met de scheur en wijst daarbij een totaal verkeerde plaats aan.
Op 3 februari wil Pronk dat de HFR tijdelijk stil gelegd wordt. Niet omdat er “daadwerkelijk een onveilige situatie bestaat,” maar om het bedrijf de tijd te geven de veiligheidscultuur te verbeteren. De directie voelt daar niets voor, maar legt de reactor toch op 18 februari stil.

In 2002 hebben zich in de Nederlandse nucleaire installaties 19 storingen voorgedaan: 10 in Borssele en 9 storingen geweest bij de Dodewaard, ECN, HFR, Covra, HOR Delft en Urenco. Dit blijkt uit het jaarlijkse overzicht over de storingen in de kerncentrales in 2002 dat de Kernfysische Dienst publiceert op 23 september 2003.