Bij deze vervroegde verkiezingen (noodzakelijk na de val van het kabinet-Lubbers II) handhaaft CDA haar positie als grootste partij. De PvdA verliest drie zetels en winst is er voor D66 en voor het GPV. Het resultaat van de nieuwe combinatie GroenLinks (PPR, PSP, CPN en EVP) blijft met zes zetels achter bij de verwachtingen. Flink verlies is er voor regeringspartij VVD. In november wordt door CDA en PvdA het derde kabinet-Lubbers gevormd.
De passages over kernenergie in de verkiezingsprogramma’s zijn bij de voorstanders nog voorzichtiger: kernenergie wordt door het CDA “niet ten principale afgewezen.“ Door de VVD moet de optie van “veilige kernenergie“ opengehouden worden. Coalitiepartner PvdA wil de kerncentrales zou snel mogelijk sluiten. Ook GroenLinks en D66 zijn tegen.

De paarse coalitie behoudt bij deze verkiezingen haar meerderheid, ondanks fors verlies van D66. PvdA en VVD compenseren dat verlies echter ruimschoots. Grote winnaar is GroenLinks, verder winnen SP en de SGP. Het CDA verliest wederom. De formatie resulteert in augustus in voortzetting van 'paars' in het tweede kabinet-Kok (PvdA, D66 en VVD).
Vier van de vijf partijen die iets opnemen over kernenergie in hun programma willen dat kernenergie een aflopende zaak is (al lijkt de SGP meer te constateren dan te wensen, als ze zegt dat Nederland haar kerncentrales kwijt raakt). VVD vindt dat een “toename van het gebruik van veilige kernenergie (moet) worden opengehouden.“ D66 (“In Nederland wordt kernenergie afgebouwd“), GroenLinks en SP (“aan kernenergie heeft Nederland geen behoefte“) vinden dat ook de bestaande kerncentrales dicht moeten, de PvdA “wijst het uitbreiden van het opgesteld vermogen aan kernenergie af“ zolang problemen van veiligheid en afval niet zijn opgelost. CDA laat zich er helemaal niet over uit.

Bij deze vervroegde verkiezingen, nodig omdat in oktober het kabinet-Balkenende I al is gevallen, blijft het CDA de grootste partij. De PvdA wint flink en herstelt zich zo van het grote verlies in 2002. Grote verliezer is de LPF. De VVD herstelt zich redelijk. De ChristenUnie verliest vrij onverwacht en Leefbaar Nederland verdwijnt uit de Kamer. In mei treedt het kabinet-Balkenende II aan, waarbij de LPF ingeruild wordt voor D66 (die voor het eerst mee doet aan een centrum-rechts kabinet). In november 2006 valt ook dit kabinet. In ‘meedoen, meer werk, minder regels’ het Hoofdlijnenakkoord (regeerafspraak) is over Borssele vastgelegd dat “de kerncentrale zal worden gesloten wanneer de technische ontwerplevensduur (ultimo 2013) geëindigd is”.
Er is weinig verschil met de programma’s een jaar eerder, maar D66 heeft haar standpunt nog verder aangescherpt (“Kernenergie is onacceptabel en daarom moet Borssele dicht”) en zal daar ook nog vaak aan herinnerd worden. LPF vindt dat de “bestaande kerncentrales“ (meervoud? terwijl Borssele al 5 jaar de enig overgebleven kerncentrale is?) zo lang mogelijk opengehouden moeten worden en VVD heeft haar passage van een jaar eerder helemaal geschrapt.

Nadat ook Kabinet-Balkenende IV gevallen is op 20 februari over de Uruzgan-missie, volgen er op 9 juni vervroegde verkiezingen. De VVD en PVV zijn de grote winnaars, CDA de grote verliezer en Balkenende stapt uit de politiek.. Uit de kernenergiepassages in de verkiezingsprogramma’s is duidelijk dat kernenergie een belangrijkere rol speelt in het debat dan het lang heeft gedaan én dat de tegenstellingen groter zijn geworden. Van betekenis is verder dat de partijcongressen sommige standpunten corrigeren: zo heeft de programcommissie van de VVD een blunder gemaakt door in het concept te zeggen dat de VVD “kiest voor veilige kerncentrales van de 4de Generatie”. Dit standpunt wordt door de milieuorganisaties met gejuich ontvangen want zou het einde betekenen van de plannen voor nieuwe kerncentrales, omdat het minstens nog 30 jaar duurt voor die er zijn.
Pas begin oktober is er een nieuw kabinet: het Kabinet-Rutte, een VVD-CDA kabinet dat door de PVV gedoogd wordt en zo op de kleinst mogelijke meerderheid (76 zetels) in de Kamer uitkomt. Het is duidelijk dat ze graag een nieuwe kerncentrale willen en hun best zullen doen de vergunning nog in deze regeerperiode af te geven. Het ministerie van VROM (Volkshuisvesting, Ruimtelijke Ordening en Milieubeheer) wordt opgeheven. Kernenergie valt nu onder het ministerie van Economische Zaken,Landbouw en Innovatie, iets waar kritiek op is want het is de grote aanjager van nieuwe kerncentrales en moet tegelijkertijd de vergunningen controleren en afgeven. Belangenverstrengeling ligt op de loer.